cualquier cosa que se haga sin levantarla será un apaño poco efectivo, pero teniendo en cuenta tu problema puedes intentar lo siguiente:
1.Limpiar bien la junta de la borada con un cuter
2.amasar borada poco espesa para que cuando la apliques entre por debajo de la baldosa
3.moja bien la baldosa y echale la borada, poco a poco y mobiendo un poco la baldosa para que vaya penetrando
4.reserva un poco de borada la haces un poco mas espesa para hacer la junta y dejarlo acabado

a veces puede quedar un poco hueca haciendolo así pero es lo unico que se me ocurre

tambien puedes mirar si lo que esta encima de la baldosa es el marco o solo el embellecedor, si solo esta el embellecedor podrias quitarlo y sacar la pieza para arreglarlo mas correctamente