Contenido místico-religioso

La doctrina de la transmigración de las almas (en la que se observan notables similitudes con el orfismo) y en consecuencia, afirmación de que existe un parentesco entre todos los seres vivos, (parece que Pitagoras creyó en la posibilidad de reencarnarse en una planta y no solamente en animales); creencia en un eterno retorno de los mismos acontecimientos en ciclos cerrados. Además, los pitagóricos practicaban numerosas reglas de abstinencia (abstinencia de carne, que aparentemente se explicaría por el parentesco con otros seres vivos), Así como diversas normas rituales y morales.
Para los pitagóricos, la ciencia estaba estrechamente ligada a la mística.